Estudioso de la Espagiria y de los autores que le precedieron, logró conocer muchos métodos de quitar los efectos nocivos del mercurio y así poder usarlo como medicina.
Destinado a realizar una carrera eclesiástica, cursó estudios de Filosofía y Teología en el convento del Carmen de Mahón. Una vez finalizados, continuó su preparación primero en Palma de Mallorca y después en Valencia, para acabar en Salamanca donde realizó estudios de Medicina bajo los auspicios del conde de Luna y dejó su carrera eclesiástica definitivamente. Una vez obtenida la graduación de doctor, obtuvo la cátedra de Anatomía de la Universidad de Salamanca, pero al poco tiempo se trasladó a Sevilla. En esta ciudad curó a la esposa del conde de Lerena de una grave enfermedad lo que le valió acrecentar su fama y el duque de Villahermosa le nombró su médico personal y de la ciudad de Jaén. Asimismo, fue admitido como miembro en la Real Sociedad de Nuestra Señora de la Esperanza de Madrid y miembro honorario de la Sociedad de Bellas Letras de Sevilla. Sus conocimientos de química y sus ideas sobre la aplicación de la química a la medicina obtenidos en sus viajes realizados a través de España, Portugal y Francia hicieron que la Universidad Literaria de Sevilla, y otras instituciones sevillanas como la Real Sociedad Médica y la Real Audiencia propusieran a la Corona la creación de una cátedra de Química Dogmática para que fuera regentada por Pons Flaquer. La propuesta fue aceptada por el Supremo Consejo de Castilla, pero no pudo hacerse realidad puesto que mientras se hacían las gestiones para dotar económicamente dicha cátedra Pons Flaquer murió sin llegar a ocuparla. Como químico descubrió un procedimiento para purificar el cebo y fabricar velas de alta calidad. Como médico y químico escribió una obra en dos tomos titulada Llave mercurial médica, en la que exponía su método para curar la Lue venerea, es decir la sífilis, con la aplicación de mercurio sin impurezas, así como describía los procedimientos para la obtención de este elemento en dicho estado. En el libro, aparecían también ideas muy adelantadas para su tiempo con relación a la importancia de la química para la medicina tanto para analizar los fluidos que componían el cuerpo humano y distinguir su estado normal de sus estados alterados por alguna enfermedad, como para la correcta fabricación de cualquier medicamento que precisara de operaciones químicas para su elaboración.
Obras de ~: Llave mercurial, con la cual se descubren los mas ocultos retretes y estravíos de la naturaleza, y se manifiesta el más seguro método de purificar el mercurio por el arte de la espagirica, y curar las enfermedades mas rebeldes, productos de la luz venera, como asimismo los morbos complicados con esta hidra; como son el escorbuto y demas que por lo común se tienen por incurables, Sevilla, Imprenta de José Codina, 1783, 2 vols. Ver la obra.
Bibl.: B. Fábregues, Biblioteca de escritores menorquines, Mahón, Tipografía de Salvador Fábregues,1878.
Además publicó una segunda obra, poco conocida por los estudiosos, titulada Triunfo de la Medicina (Madrid, Gabriel Ramírez, 1753), donde aún sigue creyendo en la división en el azufre, mercurio y sal de los alquimistas. Ver la obra.
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